მცხეთის მუნიციპალიტეტი ადმინისტრაციულ-ტერიტორიული ერთეულია აღმოსავლეთ საქართველოში, მცხეთა-მთიანეთის მხარეში.

მუნიციპალიტეტის ტერიტორია ძირითადად დაბალ და საშუალო მთიანია, სიმაღლე ზღვის დონიდან 670-1600 მ-ის ფარგლებში იცვლება.

მუნიციპალიტეტს აღმოსავლეთით ესაზღვრება საგარეჯოს მუნიციპალიტეტი, დასავლეთით კასპის მუნიციპალიტეტი, ჩრდილოეთით დუშეთისა და თიანეთის მუნიციპალიტეტები, სამხრეთით გარდაბნისა და თეთრი წყაროს მუნიციპალიტეტები და ქალაქი თბილისი. მცხეთის მუნიციპალიტეტის ფართობია 805 კმ².
მუნიციპალური და რეგიონის ცენტრია ქალაქი მცხეთა. მცხეთის დედაქალაქად ქცევაში დიდი როლი ითამაშა მისმა ხელსაყრელმა გეოგრაფიულმა მდებარეობამ. აქ იყრიდა თავს გზები დასავლეთ საქართველოდან, მესხეთიდან, სომხეთიდან, ალბანეთიდან, ჩრდილო კავკასიიდან; აქ გადიოდა მსოფლიო მნიშვნელობის სავაჭრო გზები: აბრეშუმის გზა, აქლემის გზა და ცხვრის გზა.
მცხეთის მუნიციპალიტეტი მოქცეულია ზომიერად ნოტიო სუბტროპიკული ჰავის ოლქში. მუხრან-საგურამოს ვაკეზე ჰავა ზომიერად ნოტიოა, იცის ცხელი ზაფხული და ზომიერად ცივი ზამთარი. ჰაერის საშუალო წლიური ტემპერატურაა 10.8°ჩ, ნალექიანობა — 590 მმ წელიწადში. მთის ქედებზე კი ჰავა შედარებით გრილია. საშუალო მთის ზონაში კლიმატი ზომიერად ნოტიოა, იცის ზომიერად ცივი ზამთარი და ხანგრძლივი თბილი ზაფხული.[1]

მცხეთის მუნიციპალიტეტში 63 დასახლებული პუნქტია, მათ შორის 1 ქალაქი (მცხეთა) და 62 სოფელი. საქართველოს კანონით, ,,მაღალმთიანი რეგიონების განვითარების შესახებ“
მაღალმთიანი სოფლის სტატუსი მინიჭებული აქვს 20 სოფელს. ეს სოფლებია: ჭილაანთკარი, ბურიანი, კოტორაანთკარი, ტაბარუკი, ბევრეთი, მსხალდიდი, ლელობი, მუხათწყარო, ახალდაბა, უფურეთი, შანკევანი, მშრალახევი, ცხვარიჭამია, ლელუბანი, თეზამი, კევლიანი, სათოვლე(ნაბაღრები), სხალტბა, ზემო ნიჩბისი და ფრეზეთი.
ტერიტორიის სამხრეთ ნაწილში იჭრება საშუალო სიმაღლის განედური საგურამოს ქედი, რომელიც იალნოს ქედის დასავლეთ გაგრძელებას წარმოადგენს. უმაღლესი წერტილია საგურამო (1392 მ). საგურამოს ქედი თავისი უკიდურესი დაბოლოებებით ქალაქ თბილისშიც იჭრება.
მუნიციპალიტეტის სამხრეთ-დასავლეთით აღმართულია საწკეპელას ქედი. მნიშვნელოვანი მთებია: ტაბარუკი (1466 მ) და ვერეს დიდგორი (1648 მ). საწკეპელას ქედის აღმოსავლურ დაბოლოებას ეწოდება არმაზის ქედი, რომლის სიმაღლე 1125 მ-მდეა.
მდინარეებს არაგვსა და ქსანს შორის გაწოლილია სხალტბის სერი. მისი სიგრძე 12 კმ-ია, ხოლო სიმაღლე 1091 მ. იგი  შემოსილია ქსეროფილური მცენარეულობით.
მცხეთის მუნიციპალიტეტს ეკუთვნის ასევე, მსხალდიდის, სათიბისა და საბადურის ქედების გარკვეული ნაწილები, მუხრან-საგურამოს ვაკე, მუხრან-საგურამოს ქვაბულის ფსკერი აგებულია მდინარე არაგვისა და ქსნის პირველი ტერასის აკუმულაციური რიყნარით.

მცირე მიწიანობის მიუხედავად მცხეთის მუნიციპალიტეტის ტერიტორია ბუნებრივი პირობების მიხედვით, მრავალფეროვნებით გამოირჩევა. 

მუნიციპალიტეტის ტერიტორიაზე გაედინება საქართველოს უმნიშვნელოვანესი მდინარე მტკვარი.
მუნიციპალიტეტის ფარგლებში მტკვრის მთავარი შენაკადებია: ხეკორძულა, არაგვი და დიღმისწყალი.
არაგვი მუნიციპალიტეტის ტერიტორიაზე მიედინება მხოლოდ სოფელ მისაქციელიდან ქალაქ მცხეთამდე. არაგვის მთავარი შენაკადებია ნარეკვავი და თეზამი.
მცხეთის მუნიციპალიტეტის დასავლეთ საზღვართან ჩამოედინება მდინარე ქსანი. მუნიციპალიტეტში არის წოდორეთისა და მუხათგვერდის ტბები. ასევე, მოიპოვება არტეზიული წყლები.
მუხრან-საგურამოს ვაკეზე გაბატონებულია ალუვიური კარბონატული და მდელოს ყავისფერი ნიადაგები. მდელოს ყავისფერი ნიადაგებია აგრეთვე მტკვრისპირა ვაკეზე და თრიალეთის ქედის ჩრდილოეთ კალთის მთისწინეთში. ფართოდაა გავრცელებული ასევე ტყის ყავისფერი ნიადაგები. სხალტბის, საგურამოსა და თრიალეთის ქედებზე გვხვდება ტყის ყომრალი ნიადაგი. მდინარეთა ტერასებზე გაბატონებულია ალუვიური თიხნარი კარბონატული ნიადაგი.
ტყესა და ბუჩქნარს უკავია მუნიციპალიტეტის მთელი ტერიტორიის მხოლოდ 17 %. თუმცა ფლორა მრავალფეროვანია.
მუნიციპალიტეტის ტერიტორიაზე  არის ჯაგეკლიანი სტეპი ტყის ელემენტებით-  შავჯაგა, გრაკლა, ძეძვი, ქართული ნუში, ბერსელა. საგურამოს ქედის კალთები შემოსილია ფოთლოვანი (მუხა, რცხილა, წიფელი) ტყით. არის ასევე რელიქტური კოლხური ელემენტები: ჭყორი, სურო და ბზა.
სხალტბის ქედის ჩრდილოეთ კალთის ქვემო ნაწილში მუხნარ-რცხილნარია; მაღალ ადილებში კი წიფლნარი. სხალტბის ქედის სამხრეთ კალთის ტყეში შეჭრილია კოლხური ფლორის მცენარეულობა (თაგვისარა). არმაზის ქედის ჩრდილო კალთაზე არიდული ნათელი ტყეა, სადაც უმეტესად ხარობს ღვია.
ლისის ქედის კალთებზე ვხვდებით ხელოვნური ტყის კორომებს (უმეტესად ფიჭვს). მდინარე დიღმისწყლის ზემოთში არის ნაძვნარი, არაგვის ნაპირებზე ხარობს დაბლობის მუხა, ტირიფი, ვერხვი და თელა. ფლორით მდიდარია ასევე საგურამოს ნაკრძალი, რომელშიც გამოვლინებულია 50-ზე მეტი სახეობის ხე და ბუჩქი, რომელთაგან აღსანიშნავია რცხილა,წიფელი, თელა, მუხა, პანტა და სხვ.
ფაუნის სიმდიდრეს უპირველეს ყოვლისა განაპირობებს საგურამოს ნაკრძალი, რომელიც დაარსდა 1946 წელს. ძუძუმწოვარი ცხოველებიდან აქ გავრცელებულია კავკასიური ირემი, შველი, კავკასიური მურა დათვი, მგელი, მელა, ტურა, ფოცხვერი, კურდღელი, მაჩვი, თეთრყელა კვერნა, წავი, ძილგუდა, გარეული ღორი, დედოფალა და სხვ.
ფრინველთაგან გავრცელებული მწყერი, გარეული მტრედი, კაკაბი, ყვავი, კაჭკაჭი, ქორი, ხოხობი და სხვ.
მტკვარში მოიპოვება მტკვრის ტობი, მტკვრის წვერა, მურწა, ხრამული, გველანა და სხვ.